Examinando por Materia "Genetic variation"

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Análisis de la interacción genotipo/ambiente en líneas de quinua (Chenopodium quinoa Willd) de la región altiplánica del Perú
(Ministerio de Desarrollo Rural y Tierras (MDRyT), 2023-03-31) Arcos Pineda, Jesus Heraclides; Estrada Zúniga, Rigoberto; Apaza, Vidal; Flores, Yeny
La quinua (Chenopodium quinoa Willd.), es una especie de planta cultivada de alto valor nutricional, originaria de la región altiplánica de Perú y Bolivia. La selección de variedades de quinua de alto rendimiento en condiciones de campo es influenciada en gran medida por el medio ambiente, a este tipo de interacción, se la conoce como genotipo/ambiente (IGA); siendo para el agricultor, la característica más importante en la adopción de una nueva variedad, el rendimiento estable con adaptabilidad en las diferentes zonas ecológicas de producción comercial del cultivo. El objetivo del estudio fue determinar el rendimiento, la estabilidad y la IGA de tres líneas genéticas de quinua y una variedad testigo Salcedo INIA en seis ambientes de la región altiplánica del Perú. Las líneas genéticas evaluados fueron: 01-15-Pu (G1), 03-15-Pu (G2), 80(99) 04-21-641 x 04-02-339 (G3) y Salcedo INIA (G4), procedentes del Programa de Mejoramiento de Granos Andinos del Perú. El análisis de varianza (ANVA) combinado determinó los efectos de genotipo (G), ambiente (E) e interacción genotipo por ambiente (IGA) para las características de rendimiento, altura de planta, longitud de panoja y diámetro de panoja. Comprobada la existencia de la IGA en el análisis de varianza combinado, los datos de las características de los genotipos evaluadas en los seis ambientes de evaluación se analizaron utilizando el Modelo de Efectos Aditivos Principales e Interacciones Multiplicativas (Modelo AMMI) y a través de la representación gráfica de efectos principales de los genotipos e IGA (GGE biplot). La variación por efecto de la IGA en el rendimiento de grano, altura de planta, longitud de panoja y diámetro de panoja fue de 78.1%, 77.6%, 83.4% y 78.7%, respectivamente. Las líneas genéticas G1 y G4 tuvieron rendimientos de grano mayores al promedio poblacional (3.13 y 2.34 t ha-1, respectivamente); mientras, las líneas G2 y G3 presentaron rendimientos inferiores a la media poblacional (1.51 y 1.55 t ha-1, respectivamente). Según el análisis de AMMI, la línea genética G1 presentó rendimiento de grano, altura de planta, longitud de panoja y diámetro de panoja mayor que las otras líneas genéticas; además, G1 tiene estabilidad en rendimiento de grano, altura de planta y longitud de panoja. G1 fue la mejor en el rendimiento de grano, longitud y diámetro de panoja en los seis ambientes de evaluación; mientras, las otras líneas fueron inferiores en todos los ambientes; por lo tanto, G1 es una línea genética de buena estabilidad y adaptación.
Diversity of Cucurbita moschata Duchesne (loche and cushé) and Cucurbita ficifolia Bouché (chiclayo) in Southern Amazonas, Perú
(USDA ARS U.S. Vegetable Laboratory, 2023-07-17) Gill, Elizabeth R.A.; Ogden, Andrew B.; Oliva Cruz, Segundo Manuel; Guerrero Abad, Juan Carlos
The National Institute for Agrarian Innovation (INIA) in Perú, among countless projects, maintains the Peruvian National Cucurbita spp. germplasm bank representing the remarkable Cucurbita spp. diversity in Perú. Prior to this project, the INIA Cucurbita collection covered much of the southern Perú Cucurbita spp. diversity but was lacking Cucurbita spp. samples from northern Perú. Therefore, the Fulbright Program funded this project to investigate and inventory the disappearing diversity of Cucurbita moschata and Cucurbita ficifolia in the Department of Amazonas, Perú. The collection focused on three landraces that belong to two different species (Table 1). The two C. moschata landraces are known in the Amazonas region as loche and cushé, whilst the C. ficifolia landrace is commonly known as chiclayo. Loche has a higher economic value and culinary influence, whilst cushé has a greater phenotypic diversity but is farmed on a smaller scale. All three, loche, cushé and chiclayo, show different physical, culinary, cultural, and geographic adaptations. The objectives of this project included:(a) collecting C. moschata and C. ficifolia samples from different districts in the Department of Amazonas, Perú for seed saving,(b) taking morphological data and photos of each collected sample for analysis, and (c) collecting cultural, historical, and culinary information.
Selección de genotipos de quinua por reacción a Mildiu en ambientes controlados
(Ministerio de Desarrollo Rural y Tierras (MDRyT), 2023-03-31) Estrada Zúniga, Rigoberto; Manotupa Tupa, Michael Bryan; Gonza Cusipuma, Victor Antonio
Frente al de safío de incrementar la producción de alimentos de calidad para alimentar a la población mundial en el contexto del cambio climático, la quinua tanto por sus características nutricionales como por su versatilidad agronómica se presenta como una importante opción para contribuir a la seguridad alimentaria regional y mundial en especial donde existen limitaciones para la producción de alimentos. Factores bióticos y abióticos forman parte de los aspectos limitantes en la producción de la quinua, así podemos mencionar a Peronospora variabilis que produce el mildiu en la quinua. Con el objetivo de identificar genotipos tolerantes a mildiu el 2022 en la Estación Experimental Agraria Andenes Cusco- Perú, en condiciones de ambientes controlados se evalúo la reacción a mildiu de 25 genotipos de quinua de valles interandinos seleccionados por sus características de rendimiento; para ello en la investigación la multiplicación de esporangios del patógeno se realizó utilizando hojas tiernas de la variedad Quillahuaman INIA en cámaras húmedas adecuadas con agar agua en placas Petri según protocolo 1 de evaluación de mildiu propuesto por Danielsen & Ames (2001) modificado en la EEA Andenes. Estos inóculos producidos fueron cosechados con ayuda de un atomizador bajo presión de agua destilada estéril después de siete días para realizar la inoculación en los tratamientos en estudio a una concentración de 1x105 esporangios/ml, en una solución de tween 20 a razón de cuatro gotas/litro de agua. Posterior a la inoculación las plantas fueron acondicionadas para favorecer la viabilidad de los esporangios manteniendo en esas condiciones durante 24 horas y luego de un periodo de siete días se realizó la evaluación del grado de infección utilizando el protocolo 10 de evaluación de mildiu del mismo manual en una escala de 0 a 100%. De los resultados se observa que en evaluaciones del tercio medio y superior de la planta los porcentajes de severidad más bajos fue para los genotipos de código RR.GG 173 (35%), RR.GG 98 (20%), ambos de grano amarillo, CQH 44 Huachaq (20%), 7/97 II Ayacucho (15%) y LP 16.1 (25%) genotipos de grano blanco con rendimientos a nivel de campo entre 2.16 a 2 .78 t/ha.
The Passion Fruit Genome
(Springer Nature, 2022-11-04) Carneiro Vieira, Maria Lucia; Portugal Costa, Zirlane; Mello Varani, Alessandro; Sader, Mariela Analia; Cauz-Santos, Luiz Augusto; Augusto Giopatto, Helena; Egoávil del Reátegui, Alina Carmen; Bergès, Hélène; Barros Monteiro-Vitorello, Claudia; Carnier Dornelas, Marcelo; Pedrosa-Harand, Andrea
The genus Passiflora comprises a large group of plants popularly known as passion fruits, much appreciated for their exotic flowers and edible fruits. The genus has long attracted considerable attention due to its economic value, broad geographic distribution and remarkable species diversity, which are found in tropical and subtropical regions of the Neotropics. Despite their biological attributes and economic importance, the species are largely neglected when it comes to conducting genomic studies. However, in 2021, a chromosome-scale genome assembly was published for a purple passion fruit cultivar (Passiflora edulis) and a genome sequence resource of the wild species, P. organensis, was assembled by adopting short- and long-read technologies. In contrast to P. edulis (1,327 Mbp), P. organensis has a small genome (259 Mbp). In this chapter we summarize some interesting results that emerged from the analysis of the Passiflora sequences, including satellite DNAs and transposable element characterization in the context of cytogenetics and evolution of the genus, organellar genome organization, and the MADS-box gene family that is known to have important biological roles in Passiflora, especially with regard to reproductive development. Although understudied, over the last decades, work on breeding passion fruit varieties has been conducted in some private and public institutions with a view to releasing cultivars of P. edulis, the main cultivated species worldwide. Therefore, studies related to genetics and breeding are also summarized.
Variabilidad genética de Peronospora variabilis Gäum. del sur del Perú
(Ministerio de Desarrollo Rural y Tierras (MDRyT), 2023-03-31) Manotupa Tupa, Michael Bryan; Estrada Zúniga, Rigoberto; Gonza Cusipuma, Victor Antonio
La quinua (Chenopodium quinoa Willd.) es un alimento excepcional que proporciona todos los aminoácidos esenciales, y se encuentra próximo a los estándares de la nutrición humana establecidos por la FAO (PROINPA, 2011) se puede encontrar quinuas de costa, valles interandinos, puna y altiplano (Estrada, 2013). Sin embargo, este cultivo se ve constantemente amenazado por factores bióticos como el mildiu ocasionado por Peronospora variabilis y es considerado como el patógeno más devastador en cultivares susceptibles (Danielsen & Ames, 2001), es un Oomiceto que pertenece al reino Chromista. Para mitigar los efectos negativos en la producción de quinua es de importancia conocer la diversidad y la dinámica poblacional del patógeno (Choi et al., 2010). Existen varias razones para presumir que existe una gran diversidad genética del patógeno, entre estas podemos mencionar que el hospedero tiene un alto nivel de diversidad, el patógeno se encuentra en zonas geográficas muy diversas y posee un ciclo sexual donde hay recombinación genética (Danielsen & Ames, 2001), por consiguiente, se planteó el objetivo de determinar la variabilidad genética de Peronospora variabilis en el sur del Perú. El material biológico empleado fue recolectado en campo de agricultores de cinco regiones del sur del Perú. El inóculo fue multiplicado utilizando hojas sueltas de quinua de la variedad Quillahuaman INIA en placas Petri con agar agua al 0.7% (p/v). Los esporangios producidos fueron cosechados utilizando agua destilada estéril a presión por un aspersor manual. Estos esporangios fueron utilizados para la extracción de ADN mediante el método del CTAB. Para determinar la diversidad genética, una región parcial de la subunidad 1 de la NADH Deshidrogenasa del genoma mitocondrial fue amplificada por PCR con los iniciadores NADH F1 (5’ CTGTGGCTTATTTTACTTTAG 3’) Y NADH R1 (5’ CAGCAGTATACAAAAACCAAC 3’) diseñado por Kroon et al. (2004). Posteriormente los productos amplificados fueron purificados y secuenciados por la tecnología Sanger de la compañía Macrogen (Seúl, Corea del Sur). Las secuencias fueron editadas y ensambladas mediante el software MEGA11 (Tamura et al., 2021). Se identificaron 3 posiciones polimórficas del tipo transición a diferencia de Göker et al. (2007) que identificó 5 posiciones de las cuales 4 son del tipo transversión y una transición en la misma especie. Se determinó 6 haplotipos, de los cuales el haplotipo H2 está presente en las cinco regiones en estudio a diferencia del haplotipo H3 que es exclusivo de la región Ayacucho y el haplotipo H5 y H6 son exclusivos de la región Apurimac. De manera similar Santos et al. (2020) identificó 6 haplotipos en Plasmopara viticola analizando el gen que codifica para la enzima Citocromo b. Del análisis molecular se determina que el 73% de la variabilidad genética está explicada por la variación dentro de cada región y el 27% de la variabilidad genética, lo explica la variación entre poblaciones. Estos valores son significativos basados en los valores del estimador ΦPT = 0.266 que es mayor a cero, lo que indica que si existe diferencia genética y proviene del interior de las poblaciones.