Examinando por Materia "RT-PCR"

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Obtención de un ADN complementario que codifica una fructano 1-exohidrolasa en yacón, Smallanthus sonchifolius (Poepp. & Endl.) H. Robinson.
(Moreno Díaz, 2019-06-12) Moreno Díaz, Patricia; Uchima Flores, Mariella; Cabrera Pintado, Rosa María; Torres Aliaga, Roger
El yacón es una planta asterácea originaria de los Andes que en los últimos años ha recibido especial atención por sus propiedades nutricionales y farmacológicas. Sus raíces almacenan fructanos de tipo inulina con bajo grado de polimerización, también llamados fructooligosacáridos (FOS). La pérdida de los FOS en las estructuras reservantes con la consecuente disminución de sus propiedades funcionales están relacionadas directamente con la actividad de la enzima fructanoexohidrolasa (FEH). Las plantas de yacón fueron obtenidas de la estación experimental “Baños del Inca” perteneciente al Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA). Examinando cuatro métodos de extracción de RNA total a partir de las raíces reservantes, se obtuvo un mejor rendimiento y calidad con el método CTAB modificado. El juego de cebadores diseñados y la técnica de RT-PCR generaron fragmentos traslapados del gen feh, así como el extremo 3’ del ARNm. El ensamblaje de los fragmentos permitió determinar cerca del 80 por ciento de la secuencia del gen y la región no codificante del extremo 3’. La construcción del árbol filogenético mostró un alto grado de identidad de la secuencia con las 1-FEHs de: C. intybus (88,5 %), H. tuberosus (88,2 %), V. herbácea (86,5 %) y A. lappa(85 %).
The presence of tomato brown rugose fruit virus (ToBRV) in tomatoes from the southern peruvian coast
(MDPI, 2024-01-19) Rodriguez Grados, Pedro Manuel; Saldaña Serrano, Carla Lizet; Estrada Cañari, Richard; Salazar Coronel, Wilian; Contreras Liza, Sergio; Arbizu Berrocal, Carlos Irvin
Tomato (Solanum lycopersicum) (Solanaceae) is an important vegetable crop worldwide that contains significant amounts of vitamins A and C. It also possesses a powerful antioxidant, lycopene, which can help prevent the development of many forms of cancer. However, this vegetable is highly susceptible to a number of emerging viruses. Since the first report of ToBRFV in Jordan, this emerging virus has been detected in Germany, Israel, Italy, Mexico, Palestine, and the United States, but its incidence was not reported in Peru. We collected 56 samples of fresh leaves of tomato plants with viral symptoms and 13 without symptoms as control from two regions that comprise more than 50% of tomato production in Peru, Lima and Ica. Mosaic, mottling, plant stunting and brown rugose symptoms were observed in collected leaves that were preserved in liquid nitrogen until processing. We extracted RNA using a commercial Kit. For virus identification, we used the reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) technique for the amplification of the capside protein (cp) gene. Specific primers were designed using the NCBI tool by collecting all available cp sequences from Peru Tomato mosaic virus (PToMV) and Tomato Brown Rough Fruit Virus (ToBRV). Results were observed on 1.5 % agarose gels using Gelred(Biotium®, Fremont, CA, USA) and by standard spectrophotometry. We observed the presence of ToBRFV in 24 samples, PToMV in 8 samples and 11 samples presented a mixed infection with ToBRV and PToMV. To the best of our knowledge, this is the first report of ToBRFV in Peru.